Della chiesa di Sant?Antonio di Padova, nominata per la prima volta in una visita pastorale nel 1729, non si conosce l?anno di costruzione, ma l?ex voto contro lo scampato crollo datato 1667, ambientato nei pressi della chiesa, induce a pensare ad una sua esistenza almeno dalla metà del XVII secolo.
Nel 1733, sopra l?unico altare, vi era un dipinto su tela rappresentante ?Sant?Antonio ed altri santi? ancora oggi conservato nel museo. Nell?annessa sacrestia era collocata una statua di del santo probabilmente la stessa che oggi si trova sull?altare. Sopra il tetto della chiesa vi era un campanile originariamente munito di due campane; nel 1781 venne rifatto l?altare e la facciata da Giovanni Sperani.
 Avvenuto il trasferimento della confraternita della Morte e del Santissimo Crocefisso nel 1821, dalla chiesa di San Giovanni, pervennero tutti i gli arredi ad essa spettanti compresi i dipinti raffiguranti Sant?Antonio da Padova e la decollazione del Battista, ancor oggi presenti, e la deposizione del Cristo, già pala d?altare, dal 1914 posta nella collegiata. Nello stesso anno venne restaurata nuovamente la facciata che assunse la forma attuale.
 Nel 1855 la confraternita consentì di inglobare la chiesa nel palazzo. La sacrestia fu ristretta, fu rifatta la volta, fu ricostruito il campanile e realizzata la nicchia sull? sull?altare per la statua di Sant?Antonio. In quegli anni venne presumibilmente realizzata anche la decorazione pittorica interna. Nel 1884 fu rinnovata la pavimentazione.
 Anche dopo la cessazione delle attività svolte dalla confraternita, da sempre nella memoria dei monteleonesi questa è rimasta la chiesa della Morte; essa veniva aperta nel periodo della commemorazione dei defunti, mentre nella sacrestia si conservavano gli oggetti e le vesti per la processione del venerdì santo.